La Fraternidad Sacerdotal San Pedro nace el año de 1988 con el fin de de conservar y promover en el seno de la Iglesia Católica las tradiciones espirituales, litúrgicas y disciplinares expresadas por el Romano Pontífice en el Protocolo de 5 de mayo de 1988, firmado por el entonces Cardenal Joseph Ratzinger, y en el Motu Proprio Ecclesia Dei del 2 de julio del mismo año.

El Santo Padre Juan Pablo II la erige canónicamente el 18 de octubre de 1988 como Sociedad de Vida Apostólica de Derecho Pontificio (Prot. nº. 234/88), aprobando, al mismo tiempo, sus constituciones. En estas se contempla su naturaleza y su carisma, el cual, teniendo en cuenta la práctica multisecular de la Iglesia y las directrices del Concilio Vaticano II, busca: a) la santificación de los sacerdotes a través de la vida en común, de la observancia de sus constituciones y, principalmente, a través de la celebración del Sacrosanto Sacrificio de la Eucaristía según los libros litúrgicos promulgados en el año de 1962; b) el fomento de las vocaciones a la vida sacerdotal y religiosa; c) la formación de los jóvenes candidatos al sacerdocio; d) la santificación del Pueblo de Dios a través de la predicación, de la celebración de los sacramentos, y de la observancia de las tradiciones litúrgicas y disciplinarias que vivifican la Iglesia de Cristo.

Su carisma y finalidad fueron confirmados, nuevamente, con la promulgación del Motu Proprio Summorum Pontificum, del 7 de julio de 2007, de la carta adjunta a los Obispos, y por la erección en Roma, por deseo expreso del actual Pontífice, de la Parroquia Personal de la Santa Trinidad de los Peregrinos. Con esta concesión, el Romano Pontífice confió a la Fraternidad Sacerdotal San Pedro el legado de su voluntad.